สำนักงานสรรพากรพื้นที่น่าน เดิมตั้งอยู่ในอาคารศาลากลางจังหวัดน่าน ถนนสุริยพงษ์ อำเภอเมืองน่าน จนกระทั่งกรมสรรพากรได้ปรับปรุงโครงสร้างในการบริหารการจัดเก็บภาษีอากร เพิ่มอัตรากำลังเจ้าหน้าที่ ทำให้สถานที่ทำงานคับแคบ ไม่สะดวกในการปฏิบัติราชการ จึงได้ขออนุมัติกรมสรรพากรไปเช่าอาคารพาณิชย์ของเอกชนเพื่อให้เจ้าหน้าที่บางส่วนไปปฏิบัติราชการ ตั้งแต่ปี พ.ศ.2535 ขณะเดียวกันก็ได้ขออนุมัติกรมสรรพากร เพื่อขอสร้างอาคารสำนักงาน ซึ่งกรมสรรพากรได้อนุมัติเงินงบประมาณจำนวน 22 ล้านบาท ให้และได้เริ่มลงมือก่อสร้างสำนักงานเป็นเอกเทศ บนที่ดินสาธารณประโยชน์ในเขตอำเภอเมืองน่าน ต่อมากรมการปกครองกระทรวงมหาดไทยได้แบ่งแยกเป็น หมู่ที่ 2 ตำบลฝายแก้ว กิ่งอำเภอภูเพียง จังหวัดน่าน มีเนื้อที่ 5 ไร่ 3 งาน ประกอบด้วยอาคารสำนักงาน อาคารชุดพักอาศัยและลานจอดรถ โดยเริ่มก่อสร้างเมื่อตุลาคม 2539 เสร็จสิ้นการก่อสร้างเมื่อ 13 มกราคม 2541 และในเดือนมกราคม 2541 กรมสรรพากรได้จัดสรรงบประมาณจำนวน 2,499,607 บาท ให้ทำการปรับปรุงสำนักงานเพื่อเป็นสำนักงานบริการที่ดีแก่ผู้เสียภาษี สำนักงานสรรพากรพื้นที่น่านได้ทำการปรับปรุงสำนักงานเสร็จสิ้นสมบูรณ์และได้ย้ายเข้ามาปฏิบัติงานเมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2541 เป็นต้นมา