สำนักงานสรรพากรภาค 12 เป็นหน่วยงานราชการส่วนกลางขึ้นตรงต่อกรมสรรพากร โดยมีประวัติความเป็นมาดังนี้
- เดิมก่อนปี พ.ศ. 2479 พระผจงธนสาร ดำรงตำแหน่งเป็นข้าหลวงตรวจการสรรพากรภาค 5 และมีผู้ดำรงตำแหน่งข้าหลวงตรวจการ สรรพากรภาค 5 รวมทั้งหมด 8 ท่าน
- กระทั่งปี พ.ศ. 2495 ได้เปลี่ยนจากสำนักงานสรรพากรภาค 5 เป็นสำนักงานสรรพากรภาค 9 โดยมีนายหลง สายศร เป็นผู้ดำรงตำแหน่งสรรพากรภาค 9 เป็นท่าน แรก เมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน 2495 และมีผู้ดำรงตำแหน่งสรรพากรภาค 9 รวม 3 ท่าน
- ปี พ.ศ. 2500 ได้เปลี่ยนจากสำนักงานสรรพากรภาค 9 เป็นสำนักงานสรรพากรเขต 9 โดยมีนายเชย พันธุ์เสวี เป็นผู้ดำรงตำแหน่งสรรพากรเขต 9 เป็นท่านแรก ที่ทำการสรรพากรเขต 9 ตั้งอยู่ ณ ศาลากลางจังหวัดสงขลา มีผู้ดำรงตำแหน่งสรรพากรเขต 9 รวม 17 ท่าน
- ปี พ.ศ. 2533 - 2537 สำนักงานสรรพากรเขต 9 ได้ย้ายมาเช่าทรัพย์สินอาคารส่วนพระมหากษัริย์เป็น ที่ทำการ เนื่องจากอัตรากำลังเจ้าหน้าที่เพิ่มขึ้นทำให้สถานที่คับแคบ
- ปี พ.ศ. 2537 กรมสรรพากรได้จัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารร่วมกับกรมการปกครอง ณ บริเวณด้าน หลังศาลากลางจังหวัดสงขลา ซึ่งตั้งอยู่ที่ถนนลูกเสือ อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา จึงได้ย้ายที่ทำการไป ปฏิบัติงาน ณ อาคารใหม่ โดยใช้สถานที่ร่วมกับสำนักงานสรรพากรจังหวัดสงขลา
- ในปี พ.ศ. 2539 ได้เปลี่ยนจากสำนักงานสรรพากรเขต 9 เป็นสำนักงานสรรพากรภาค 9 โดยมี นายอนันต์ สุขสกุลวัฒน์ ดำรงตำแหน่งสรรพากรภาค 9 ต่อมาเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2540 ได้เปลี่ยนจาก สำนักงานสรรพากรภาค 9 เป็นสำนักงานสรรพากรภาค 12 สำนักงานสรรพากรภาค 12 โดยมี นายไพบูลย์ วัชรพินธุ์ เป็นสรรพากรภาค 12 ท่านแรก
- ในปี 2542 กระทรวงการคลังได้ประมูลอาคาร 5 ชั้น เลขที่ 878 ถนนกาญจนวณิชย์ ตำบลหาดใหญ่ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา จาก ปรส. บนเนื้อที่ 3 ไร่ 43.9 ตารางวา จึงได้ย้ายที่ทำการสำนักงาน เข้าปฏิบัติงานในอาคารดังกล่าวร่วมกันกับสำนักงานสรรพากรจังหวัดสงขลา(สาขา) และสำนักงาน สรรพากรอำเภอหาดใหญ่(สาขา) ตั้งแต่วันที่ 18 พฤศจิกายน 2542 เป็นต้นมา และได้ทำพิธีเปิดอาคาร สำนักงานอย่างเป็นทางการ โดยท่านอธิบดีกรมสรรพากร (ร้อยเอกสุชาติ เชาว์วิศิษฐ์) เป็นประธานในพิธี เมื่อวันที่ 20 มกราคม 2543
- ปัจจุบัน ท่านนิรันดร์ ประจวบเหมาะ ดำรงตำแหน่งสรรพากรภาค 12
