1. บริษัท บ. จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม 2555 ประกอบธุรกิจขายสินค้าที่เกี่ยวกับบ้านและสินค้าทั่วไป เช่น อุปกรณ์เครื่องใช้ไฟฟ้า สุขภัณฑ์ วัสดุสำนักงาน เป็นต้น บริษัทฯ ได้แบ่งพื้นที่บางส่วนภายในสถานประกอบการให้กับบุคคลภายนอกเช่า บริษัทฯ จึงมีทั้งกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม

           2. บริษัทฯ ได้เปิดสาขาเพิ่มในพื้นที่ต่างๆ โดยทุกครั้งเมื่อมีการเปิดสาขา บริษัทฯ จะดำเนินการเฉลี่ยภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคาร ตามข้อ 5 ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการเฉลี่ยภาษีซื้อ ตามมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2535 มาโดยตลอด

           3. บริษัทฯ ได้เปิดสาขาอรัญประเทศ จังหวัดสระแก้ว และเริ่มดำเนินการก่อสร้างอาคารตั้งแต่เดือนพฤษภาคม 2558 ลักษณะการก่อสร้างเป็นอาคาร 3 หลัง อาคารหลังที่ 1 เป็นอาคารสำหรับขายสินค้าและมีพื้นที่บางส่วนเปิดให้บุคคลภายนอกเช่า อาคารหลังที่ 2 เป็นอาคารใช้เป็นสำนักงานของบริษัทฯ และอาคารหลังที่ 3 เป็นอาคารที่ใช้เป็นห้องเครื่องและเครื่องปั๊มน้ำ สำหรับดูแลระบบจ่ายไฟฟ้าและประปา

           4. อาคารทั้ง 3 หลังดังกล่าว ใช้ในการประกอบกิจการทั้งที่เสียภาษีมูลค่าเพิ่มและไม่เสียภาษีมูลค่าเพิ่ม เช่น พื้นที่เช่า เป็นต้น สินค้าที่ได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม เช่น ปุ๋ย เป็นต้น โดยบริษัทฯ ไม่สามารถแยกพื้นที่ได้ชัดเจนว่าพื้นที่ส่วนใดใช้สำหรับกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและพื้นที่ส่วนใดใช้สำหรับกิจการประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม เช่น ลานจอดรถ พื้นที่ทางเดินส่วนกลาง ห้องน้ำ พื้นที่จัดเก็บสินค้า เป็นต้น ทำให้การประมาณการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของบริษัทฯ ซึ่งต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและเพื่อการอื่นที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น ไม่สามารถระบุพื้นที่ได้อย่างถูกต้อง บริษัทฯ จึงขออนุมัติเฉลี่ยภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารดังกล่าวตามส่วนของรายได้

           กรณีที่บริษัทฯ ได้ก่อสร้างอาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการทั้งประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม บริษัทฯ ต้องเฉลี่ยภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคารตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคาร ตามมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร ประกอบกับข้อ 5 ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29)ฯ ลงวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2535 แต่เนื่องจากบริษัทฯ ไม่สามารถประมาณการการใช้พื้นที่อาคารได้ว่า พื้นที่ส่วนใดใช้สำหรับกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม และพื้นที่ส่วนใดใช้สำหรับกิจการประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม จึงอนุมัติให้บริษัทฯ เฉลี่ยภาษีซื้อตามส่วนของรายได้ของกิจการในปีที่ผ่านมา และให้นำภาษีซื้อส่วนที่เฉลี่ยได้ตามส่วนของกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มไปหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม ตามมาตรา 82/3 และมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร ประกอบกับข้อ 2 และข้อ 7 ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29)ฯ ลงวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2535