1. บริษัท A บริษัทฯ จดทะเบียนเป็นผู้ประกอบการภาษีมูลค่าเพิ่ม ประกอบกิจการผลิตผลิตภัณฑ์จากยางพารา ผลิตแท่งยาง เพื่อส่งออกนอกราชอาณาจักร ได้รับบัตรส่งเสริมการลงทุน เพื่อผลิตยางแท่งส่งออกนอกราชอาณาจักร ซึ่งมีกรรมวิธีผลิตยางแท่งโดยนำยางถ้วยที่ซื้อมาจากชาวสวนมาล้างทำความสะอาดแล้วนำมารีดและสับให้เป็นชิ้นเล็กๆ บรรจุลงบล๊อกอัดเป็นแท่งโดยผ่านความร้อนของเตาอบ ซึ่งยางแท่งที่ผลิตได้จะต้องได้รับการรับรองการตรวจสอบมาตรฐานยางแท่งจากศูนย์วิจัยยางกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (ศูนย์วิจัยฯ) ก่อนส่งออก

           2. บริษัทฯ ได้ลงทุนก่อสร้างโรงงานและซื้อเครื่องจักรเพื่อใช้ผลิตยางแท่ง และบริษัทฯ ได้ขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มตั้งแต่เดือนภาษีกันยายน 2555 เป็นต้นมา ต่อมาบริษัทฯ ได้รับคำสั่งซื้อยางแท่งพร้อมการเปิด L/C จากลูกค้าในประเทศจีน แต่บริษัทฯ ไม่สามารถส่งออกสินค้าได้ตามเวลานัดของลูกค้า เนื่องจากบริษัทฯ ต้องรอ

การตรวจสอบรับรองมาตรฐานยางแท่งจากศูนย์วิจัยฯ ดังนั้น เพื่อลดการขาดทุนของบริษัทฯ บริษัทฯ จึงได้ขายยางแท่งให้แก่บริษัท B ทำให้บริษัทฯ มียอดขายจากการขายสินค้าในประเทศไทย ซึ่งได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 81 (1) (ก) แห่งประมวลรัษฎากร

           3. เนื่องจากบริษัท A มีรายได้ที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม บริษัทฯ ต้องทำการเฉลี่ยภาษีซื้อที่ใช้ร่วมกันในกิจการทั้งสองตามส่วนของรายได้ในแต่ละกิจการ ส่วนภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคาร โรงงาน บริษัท A ต้องเฉลี่ยภาษีตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคาร ซึ่งบริษัท A ไม่สามารถที่จะประมาณการได้ว่าพื้นที่ส่วนใดใช้ในการผลิตยางเพื่อส่งออกและขายภายในประเทศได้ เพราะบริษัทฯ ได้ใช้พื้นที่อาคารและเครื่องจักรเดียวกันในการผลิตยางแท่งเพื่อขายโดยการส่งออกและขายในประเทศ บริษัทฯ จึงขอใช้วิธีการประมาณการรายได้ของกิจการทั้งสองในการเฉลี่ยภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารที่เกิดขึ้นแทนการประมาณการการใช้พื้นที่อาคาร เพื่อให้การเฉลี่ยภาษีซื้อของบริษัท A เป็นไปอย่างถูกต้อง

           กรณีบริษัท A ก่อสร้างอาคารโรงงานของบริษัท A เพื่อใช้ในการประกอบกิจการผลิตผลิตภัณฑ์จากยางพารา ผลิตยางแท่งเพื่อจำหน่ายทั้งในประเทศและส่งออกไปต่างประเทศ ซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม บริษัทฯ ต้องเฉลี่ยภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคารตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคาร ตามมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร ประกอบกับข้อ 5 ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29)ฯ ลงวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2535 หากบริษัทฯ ไม่สามารถประมาณการการใช้พื้นที่อาคารได้ว่าพื้นที่ส่วนใดใช้สำหรับกิจการที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม และส่วนใดใช้สำหรับกิจการที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม ทำให้บริษัทฯ ไม่สามารถเฉลี่ยภาษีซื้อตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคารตามข้อ 5 ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากรฉบับดังกล่าวได้ จึงอนุมัติให้บริษัทฯ

เฉลี่ยภาษีซื้อตามส่วนของรายได้ของปีที่ผ่านมาของกิจการ และให้นำภาษีซื้อส่วนที่เฉลี่ยได้ตามส่วนของกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มไปหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 82/3 และมาตรา 82/6

แห่งประมวลรัษฎากร ประกอบกับข้อ 2 และข้อ 7 ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29)ฯ ลงวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2535