1. สำนักงานสรรพากรพื้นที่ ก. ได้ประเมินภาษีเงินได้นิติบุคคลบริษัทA สำหรับรอบระยะเวลาบัญชีตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2552 ถึงวันที่ 31 มีนาคม 2553 โดยมีภาษีที่ต้องชำระ จำนวน 3,316,791.62 บาท เบี้ยปรับ จำนวน 3,313,791.62 บาท และเงินเพิ่ม (คำนวณไว้ถึงวันที่ 28 พฤษภาคม 2556) จำนวน 1,641,811.71 บาท รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 8,275,394.95 บาท ตามหนังสือแจ้งภาษีเงินได้นิติบุคคล

           2. เมื่อวันที่ 4 มิถุนายน 2556 บริษัทA ได้ยื่นคำอุทธรณ์ (ภ.ส. 6) ต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ขอให้ยกเลิกการประเมิน และงดหรือลดเบี้ยปรับ

           3. เมื่อวันที่ 3 กันยายน 2556 บริษัทA ได้ชำระภาษี เบี้ยปรับ และเงินเพิ่มพร้อมทั้งเงินเพิ่มใหม่ ตามหนังสือแจ้งการประเมินภาษีดังกล่าว โดยใช้แบบขอชำระภาษีอากรคงค้าง (ท.ป. 3) รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 8,474,402.45 บาท

           4. เมื่อวันที่ 23 กันยายน 2556 บริษัทA ได้ยื่นคำร้องขอคืนเงินภาษีอากร (ค. 10) เพื่อขอคืนเงินภาษีเงินได้นิติบุคคล สำหรับรอบระยะเวลาบัญชีตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2552 ถึงวันที่ 31 มีนาคม 2553 จำนวน 8,474,402.45 บาท มูลเหตุที่ขอคืนเนื่องจากบริษัทA ได้ยื่นอุทธรณ์การประเมินภาษีตามหนังสือแจ้งการประเมินดังกล่าวต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ไว้แล้ว จึงขอคืนเงินที่ชำระดังกล่าว

           5. เมื่อวันที่ 23 ธันวาคม 2557 คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ได้มีคำวินิจฉัยอุทธรณ์ (ภ.ส. 7) วินิจฉัยว่า การประเมินภาษีเงินได้นิติบุคคลเป็นการถูกต้องและชอบด้วยกฎหมาย ส่วนเบี้ยปรับให้ลดลงคงเหลือเรียกเก็บเพียงร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย จำนวน 1,658,395.81 บาท

           6. ต่อมาบริษัทA ได้ยื่นฟ้องกรมฯ ต่อศาลภาษีอากรกลาง เพื่อเพิกถอนหนังสือแจ้งภาษีเงินได้นิติบุคคล และคำวินิจฉัยอุทธรณ์ดังกล่าว และเรียกเงินคืนเป็นจำนวน 8,474,402.45 บาท พร้อมดอกเบี้ย

           กรณีตามข้อเท็จจริง บริษัทA ถูกเจ้าพนักงานประเมินภาษีเงินได้นิติบุคคลตามหนังสือแจ้งภาษีเงินได้นิติบุคคล รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 8,275,394.95 บาท ซึ่งบริษัทA ได้ยื่นอุทธรณ์การประเมินภาษีพร้อมทั้งชำระภาษี เบี้ยปรับ และเงินเพิ่มตามหนังสือแจ้งการประเมินภาษีดังกล่าวไว้แล้ว ต่อมาเมื่อวันที่ 23 ธันวาคม 2557 คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ได้มีคำวินิจฉัยอุทธรณ์ในส่วนของเบี้ยปรับให้ลดลงคงเหลือเรียกเก็บเพียงร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย จำนวน 1,658,395.81 บาท ดังนั้น การที่บริษัทA ได้ชำระเบี้ยปรับไว้ จำนวน 3,316,791.62 บาท ตามหนังสือแจ้งการประเมินภาษีดังกล่าว จึงเป็นภาษี (เบี้ยปรับ) ที่บริษัทA เสียไว้โดยไม่มีหน้าที่ต้องเสีย จำนวน 1,658,395.81 บาท (3,316,791.62 - 1,658,395.81) บริษัทA จึงเป็นผู้มีสิทธิขอคืนเงิน ตามนิยามที่กำหนดไว้ในข้อ 4 ของระเบียบกรมฯ ว่าด้วยการคืนเงินภาษีอากร พ.ศ. 2539 โดยบริษัทA ต้องยื่นคำร้อง ค. 10 ขอคืนเงินภาษีอากรภายในสามปีนับแต่วันได้รับแจ้งคำวินิจฉัยอุทธรณ์การประเมินเป็นหนังสือ ตามมาตรา 27 ตรี (2) แห่งประมวลรัษฎากร การที่บริษัทA ได้ยื่นคำร้อง ค. 10 เมื่อวันที่ 23 กันยายน 2556 ก่อนที่คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์จะมีคำวินิจฉัยอุทธรณ์ บริษัทA จึงยังไม่ใช่ผู้มีสิทธิขอคืนตามระเบียบกรมฯ ดังกล่าว