คดีมีปัญหาที่ต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ของจำเลยว่า โจทก์มีทุนจดทะเบียน 900 ล้านบาทเป็นกิจการขนาดใหญ่ มีบุคลากรที่มีความรู้ ย่อมทราบดีว่า มีหน้าที่ยื่นแบบแสดงรายการภาษีเงินได้ นิติบุคคลและรายการอื่นๆเพื่อชำระภาษีแต่โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการพ้นกำหนดเวลามาถึง 2 ปี แม้โจทก์จะมีการเปลี่ยนแปลงระบบบัญชีและมีปัญหาเกี่ยวกับการขาดแคลนบุคคลในการทำและให้ข้อมูลทางบัญชีและโจทก์ประสบภาวการณ์ขาดทุนเนื่องจากภาวะเศรษฐกิจตกต่ำจนต้องยื่นคำร้องต่อศาลล้มละลายกลางเพื่อขอฟื้นฟูกิจการของโจทก์และศาลล้มละลายกลางได้มีคำสั่งให้ฟื้นฟูกิจการของโจทก์ ก็มิใช่เหตุที่โจทก์จะไม่ยื่นแบบแสดงรายการตามประมวลรัษฎากรมาตรา 69 ซึ่งโจทก์ชอบที่จะทำคำร้องขอขยายเวลายื่นแบบแสดงรายการตามมาตรา 3 อัฏฐ เมื่อโจทก์ไม่ยื่นแบบแสดงรายการในกำหนด เจ้าพนักงานประเมินย่อมมีอำนาจทำการประเมินเงินได้ตามมาตรา 24 หรือมาตรา 71(1) โดยให้เปรียบเทียบการประเมิน ทั้ง 2 วิธี และให้ถือวิธีที่ได้ภาษีเงินได้นิติบุคคลมากกว่าตามแนวทางปฏิบัติตามคำสั่งกรมสรรพากรที่ 78 /2541 ลว. 27 ตุลาคม 2541 ซึ่งเจ้าพนักงานประเมินได้ทำการเปรียบเทียบกันแล้วปรากฏว่าการประเมินตามมาตรา 71(1) ได้ภาษีมากกว่า จึงได้ประเมินให้โจทก์เสียภาษีเงินได้ นิติบุคคลตามมาตรา 71(1) ซึ่งเป็นการประเมินที่ถูกต้องและชอบด้วยกฎหมาย

ศาลฎีกาพิเคราะห์แล้วเห็นว่า คำสั่งกรมสรรพากรที่ ป.78/2541 ลงวันที่ 27 ตุลาคม 2541 ไม่ใช่กฎหมายเป็นเพียงแนวทางปฎิบัติภายในที่อธิบดีกรมสรรพากรวางไว้ให้เจ้าพนักงานปฏิบัติ เท่านั้น แต่การประเมินให้ผู้มีหน้าที่เสียภาษีอากรชำระภาษี ต้องประเมินให้ถูกต้องตามหลักเกณฑ์ที่ บัญญัติไว้ในประมวลรัษฏากร แม้การที่โจทก์ไม่ยื่นแบบแสดงรายการภายในระยะเวลาที่ประมวลรัษฏากรกำหนดจะเป็นเหตุให้เจ้าพนักงานมีอำนาจใช้ดุลพินิจประเมินให้โจทก์เสียภาษีเงินได้นิติบุคคลตามประมวลรัษฎากร มาตรา 24 หรือมาตรา 71(1) ได้ และการประเมินตามมาตรา 71(1) จะได้ภาษีมากกว่า ก็ตาม เมื่อข้อเท็จจริงได้ความว่าในรอบระยะเวลาบัญชีพิพาท โจทก์ประสบการขาดทุน จนต้องร่วมกับธนาคารกสิกรไทย จำกัด(มหาชน)เจ้าหนี้ของโจทก์ยื่นคำร้องต่อศาลล้มละลายกลางขอฟื้นฟูกิจการของโจทก์ จึงไม่มีผลกำไรจากกิจการอันจะต้องเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลในรอบระยะเวลาบัญชีพิพาท และในระหว่างคดีขอฟื้นฟูกิจการ เมื่อเจ้าพนักงานของจำเลยออกหมายเรียกโจทก์มาไต่สวนโจทก์ก็แสดงเหตุผลที่มิได้ยื่นแบบแสดงรายการและส่งเอกสารต่างๆให้ครบถ้วน เจ้าพนักงานของจำเลยยังให้ความเห็นว่า โจทก์ไม่มีเจตนาหลีกเลี่ยงการเสียภาษีและให้ความร่วมมือในการตรวจสอบภาษีด้วยดี ทั้งเจ้าพนักงานประเมินมีพยานหลักฐานเพียงพอที่จะตรวจสอบและคำนวณกำไรขาดทุนตามมาตรา 65 ได้ จึงไม่จำต้องประเมินตามมาตรา 71(1) การใช้ดุลพินิจให้โจทก์เสียภาษีเงินได้นิติบุคคลตามมาตรา 71(1) ตามคำสั่งกรมสรรพากรที่ ป.78/2541 ทั้งที่โจทก์ไม่มีภาระต้องเสียภาษีเงิน ได้นิติบุคคลนั้น เป็นการใช้ดุลพินิจที่ไม่ถูกต้องตามหลักเกณฑ์แห่งประมวลรัษฎากร การประเมินของเจ้าพนักงานประเมินและคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ที่ประเมินและวินิจฉัยให้โจทก์ชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลสำหรับรอบระยะเวลาบัญชีตามมาตรา 71(1) จึงไม่ชอบด้วยกฎหมาย