คดีมีปัญหาต้องวินิจฉัยว่า หนังสือแจ้งภาษีเงินได้นิติบุคคลของเจ้าพนักงานประเมินและคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของจำเลยที่ 2 ถึงที่ 4 ชอบด้วยพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539 มาตรา 36 และมาตรา 37 หรือไม่
หนังสือแจ้งภาษีเงินได้นิติบุคคลของเจ้าพนักงานประเมินมีลายมือชื่อนาย ส. ตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภาษี 7 ลงชื่อในฐานะเจ้าพนักงานประเมิน และคำวินิจฉัยอุทธรณ์มีลายมือชื่อผู้แทนอธิบดีกรมสรรพากร ผู้แทนสำนักงานอัยการสูงสุดและผู้แทนกรมการปกครอง ลงชื่อในฐานะคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ดังนั้น หนังสือแจ้งภาษีเงินได้นิติบุคคลและคำวินิจฉัยดังกล่าวชอบด้วยกฎหมายด้วยมาตรา 36 แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539 แล้ว
โจทก์มีรายรับจากการประกอบกิจการ แต่โจทก์ไม่ยื่นแบบแสดงรายการภาษีเงินได้นิติบุคคลภายใน 150 วัน นับแต่วันสุดท้ายของรอบระยะเวลาบัญชีตามมาตรา 69 แห่งประมวลรัษฎากร เจ้าพนักงานประเมินจึงอาศัยอำนาจตามมาตรา 71 (1) แห่งประมวลรัษฎากร ออกหมายเรียกให้โจทก์นำหลักฐาน การชำระภาษีอากร งบการเงินฯ ไปส่งมอบให้เจ้าพนักงานประเมินทำการตรวจสอบ ผู้รับมอบอำนาจโจทก์ได้ไปพบเจ้าหน้าที่ฯ โดยตอบคำถามและส่งมอบเอกสารทางบัญชี เมื่อพิจารณา คำอุทธรณ์ของโจทก์ ปรากฏว่า โจทก์ได้อุทธรณ์การประเมินโต้แย้งคัดค้านตรงประเด็น และโจทก์ได้รับคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ โจทก์สามารถฟ้องคดีนี้โต้แย้งข้อเท็จจริง ข้อกฎหมาย และเหตุผลไว้อย่างละเอียดตรงตามประเด็นและเหตุผลแห่งการประเมินกับเหตุผลแห่งคำวินิจฉัยอุทธรณ์ ดังนั้น หนังสือแจ้งภาษีเงินได้นิติบุคคลและคำวินิจฉัยอุทธรณ์ฉบับพิพาทชอบด้วยมาตรา 37 แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539
มาตรา 71 แห่งประมวลรัษฎากร หาใช่เป็นบทบัญญัติตามเงื่อนไขที่ระบุเท่านั้น แต่ยังมีเจตนารมณ์ให้บริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลยื่นแบบแสดงรายการให้ถูกต้องพร้อมทั้งนำเอกสารหรือหลักฐานทางบัญชีแสดงต่อเจ้าพนักงาน เพื่อพิสูจน์รายได้รายจ่ายของกิจการด้วย เมื่อผู้เสียภาษีไม่ยื่นรายการ เจ้าพนักงานประเมินมีอำนาจออกหมายเรียกผู้นั้นมาไต่สวน และออกหมายเรียกพยานกับสั่งให้ผู้ที่ไม่ยื่นรายการหรือพยานนำบัญชีหรือพยานหลักฐานอื่นอันควรแก่เรื่องมาแสดงได้ตามมาตรา 23 แห่งประมวลรัษฎากร และมีอำนาจประเมินตามมาตรา 24 แห่งประมวลรัษฎากร ก็ได้ ดังนั้น การที่เจ้าพนักงานประเมินจะเลือกใช้อำนาจประเมินตามมาตรา 71 (1) แห่งประมวลรัษฎากร ต้องเป็นการใช้โดยมีดุลพินิจที่เหมาะสมแก่กรณีและเป็นธรรมด้วย ปรากฏว่าในระหว่างการตรวจสอบไต่สวน โจทก์ให้ความร่วมมือแก่เจ้าหน้าที่ โดยให้ถ้อยคำและส่งมอบสมุดบัญชีต่างๆ ใบส่งของ ใบสำคัญจ่ายประกอบการลงบัญชี สำเนาใบเสร็จรับเงิน รายงานสินค้าคงเหลือและเอกสารหลักฐานประกอบการลงบัญชีอื่น ซึ่งหลักฐานดังกล่าวเพียงพอในการคำนวณกำไรขาดทุนสุทธิจากการประกอบกิจการรอบระยะเวลาบัญชีพิพาทได้ ดังนั้น การใช้ดุลพินิจของเจ้าพนักงานประเมินที่ประเมินตามมาตรา 71 (1) แห่งประมวลรัษฎากร เป็นการไม่ชอบ