คดีนี้ในวันชี้สองสถานวันที่ 18 มิถุนายน 2551 โจทก์แถลงรับข้อเท็จจริงและศาลภาษีอากรกลางเห็นว่า ข้อเท็จจริงตามฟ้อง คำให้การ คำแถลงรับของคู่ความและพยานหลักฐานที่คู่ความส่งศาล คดีพอวินิจฉัยได้ จึงมีคำสั่งให้งดสืบพยานโจทก์และพยานจำเลย คดีเสร็จการพิจารณา ให้นัดฟังคำพิพากษาในวันที่ 21 กรกฎาคม 2551 ดังนี้ คำสั่งงดสืบพยานของศาลภาษีอากรกลางในวันนัดชี้สองสถานก่อนนัดฟังคำพิพากษาดังกล่าว จึงเป็นคำสั่งระหว่างพิจารณา ซึ่งหากโจทก์เห็นว่า การใช้ดุลพินิจงดสืบพยานไม่เป็นธรรมแก่โจทก์เนื่องจากเป็นการตัดโอกาสโจทก์ในการนำเสนอข้อเท็จจริงก็ต้องโต้แย้งคำสั่งงดสืบพยานดังกล่าวไว้ มิฉะนั้น ต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ตามมาตรา 29 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ. 2528 ประกอบมาตรา 226 (2) แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง เมื่อปรากฏว่านับแต่วันที่ศาลภาษีอากรกลางมีคำสั่งดังกล่าวจนถึงวันที่ศาลภาษีอากรกลางอ่านคำพิพากษามีเวลาเพียงพอที่โจทก์จะโต้แย้งคำสั่งนั้นได้ แต่โจทก์มิได้โต้แย้งคำสั่งไว้ โจทก์จึงไม่มีสิทธิอุทธรณ์คำสั่งดังกล่าว
หนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาททั้ง 6 ฉบับ ได้ระบุว่า เจ้าพนักงานของจำเลยได้แจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มละเบี้ยปรับสำหรับเดือนภาษีพิพาทโดยอาศัยอำนาจตามมาตรา 88 มาตรา 88/2 มาตรา 88/5 มาตรา 89 (4) และมาตรา 89/1 แห่งประมวลรัษฎากร เนื่องจากเป็นภาษีซื้อต้องห้ามตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร อันเป็นการระบุถึงข้อกฎหมายที่อ้างอิงแล้ว นอกจากนี้ ในใบแนบหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มซึ่งอยู่ท้ายหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาททั้ง 6 ฉบับ ยังได้ระบุว่าเหตุผลในการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มว่า จากการตรวจปฏิบัติการภาษีมูลค่าเพิ่มปรากฏว่า โจทก์ประกอบกิจการให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลชื่อว่า “ทอร์ เทรดเดอร์” ในเดือนที่ตรวจปฏิบัติการเรือดังกล่าวให้บริการนอกราชอาณาจักรซึ่งฐานภาษีไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มภาษีซื้อที่โจทก์แสดงไว้ในแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่ม (ภ.พ.30) เป็นภาษีซื้อต้องห้ามตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากรเป็นการระบุถึงข้อเท็จจริงอันเป็นสาระสำคัญ ทั้งข้อพิจารณาและข้อสนับสนุนการใช้ดุลพินิจในการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มและเบี้ยปรับสำหรับเดือนภาษีพิพาทแล้ว ถือว่า หนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาทเป็นคำสั่งทางปกครองที่จัดให้มีเหตุผลชอบด้วยมาตรา 37 วรรคหนึ่งแห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539 แล้ว
เมื่อการดำเนินธุรกิจของโจทก์ที่ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลมีการประกอบกิจการหลายกิจการ มีทั้งให้บริการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักร จากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรและจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง แม้ตามประมวลรัษฎากรจะไม่ได้ให้ความหมายไว้ว่า “กิจการการขนส่งระหว่างประเทศ” ที่ให้ผู้ประกอบการนิติบุคคลใช้อัตราภาษีร้อยละ 0 ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 80/1 (3) แห่งประมวลรัษฎากร หมายถึงกิจการในลักษณะใดบ้างก็ตาม แต่บทบัญญัติในมาตราดังกล่าวก็ต้องอยู่ภายใต้บังคับของมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ที่บัญญัติว่า
“การกระทำกิจการดังต่อไปนี้ในราชอาณาจักร ให้อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดนี้
(1) การขายสินค้าหรือการให้บริการโดยผู้ประกอบการ
(2) การนำเข้าสินค้าโดยผู้นำเข้า
การให้บริการในราชอาณาจักรให้หมายถึง บริการที่ทำในราชอาณาจักรโดยไม่คำนึงว่าการใช้บริการนั้นจะอยู่ในต่างประเทศหรือในราชอาณาจักร
การให้บริการที่ทำในต่างประเทศและได้มีการใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ให้ถือว่าการให้บริการนั้นเป็นการให้บริการในราชอาณาจักร”
การขนส่งระหว่างประเทศที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม จึงหมายถึง การขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ดังนั้น การพิจารณาว่า กิจการส่วนใดของโจทก์อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มจึงต้องแยกพิจารณาเป็นรายกิจการ หาใช่หมายความว่า เมื่อกิจการของโจทก์เป็นการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งแล้วจะถือเป็นกิจการที่ทำในราชอาณาจักรและอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งหมดตามที่โจทก์อุทธรณ์ สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรและในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นการให้บริการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่งนั้น มีลักษณะเป็นการให้บริการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอุทธรณ์ว่า มีการทำธุรกรรม การประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักร แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้า เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักรจึงถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำการขนส่งสินค้าหรือได้ใช้บริการขนสินค้านั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่ม ตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร
เมื่อโจทก์เป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนและถูกผู้ประกอบการจดทะเบียนอื่นเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่ม แต่กิจการในส่วนที่เป็นการให้บริการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่งไม่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีได้ ประกอบกับไม่ปรากฏว่าภาษีซื้อพิพาทเกี่ยวข้องกับกิจการขนส่งจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรหรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรซึ่งอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มโจทก์ซึ่งเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนจึงไม่อาจนำภาษีซื้อที่ถูกเรียกเก็บในแต่ละเดือนภาษีพิพาทดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร การที่โจทก์ซึ่งเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนได้ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทแสดงไว้คลาดเคลื่อนไป โจทก์จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์มีคำวินิจฉัยให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว