การประกอบกิจการให้บริการขนส่งระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลที่กระทำโดยผู้ประกอบการที่เป็นนิติบุคคลที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น หมายถึง กิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรตามมาตรา 77/2 วรรคสองและวรรคท้ายแห่งประมวลรัษฎากร สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรไปยังนอกราชอาณาจักร และในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรจึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตามแต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง มีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอ้างว่ามีตัวแทนในราชอาณาจักร แต่เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีได้ ดังนั้นแม้ในเดือนภาษีพิพาทโจทก์ผู้ประกอบการจดทะเบียนถูกผู้ประกอบการจดทะเบียนอื่นเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มก็ตาม แต่ไม่ปรากฏว่าภาษีซื้อดังกล่าวเกี่ยวข้องโดยตรงกับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรหรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรที่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มโจทก์จึงไม่อาจนำภาษีมูลค่าเพิ่มที่ถูกเรียกเก็บดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร ซึ่งเป็นเหตุให้โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีไว้ไม่ถูกต้องหรือมีข้อผิดพลาดอันเป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป โจทก์จึงต้องเสียเบี้ยปรับ ตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร การประเมินของเจ้าพนักงานประเมินและคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ชอบแล้ว
ส่วนที่โจทก์อุทธรณ์ให้งดเบี้ยปรับซึ่งเป็นปัญหาข้อเท็จจริงนั้น สำหรับเดือนภาษีกุมภาพันธ์ 2548 และเดือนภาษีมีนาคม 2548 มีทุนทรัพย์พิพาทไม่เกิน 50,000.-บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยให้ สำหรับเดือนภาษีมกราคม 2548 นั้นเห็นว่า การกระทำของโจทก์อาจทำให้รัฐเสียหาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์พิจารณาให้ลดเบี้ยปรับเหลือร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย นับว่าเป็นคุณแก่โจทก์มากแล้ว