ตามใบแนบหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่ม (ภ.พ.73.1) มีการระบุว่า โจทก์ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเล โดยเรือเดินทะเลของโจทก์ให้บริการนอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีที่ขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่ม ยอดภาษีซื้อที่แสดงในแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นภาษีซื้อต้องห้าม ตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร มิให้นำมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม เจ้าพนักงานประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มโดยอาศัยอำนาจตามมาตรา 88 แห่งประมวลรัษฎากร ปรับปรุงภาษีซื้อตามผลการตรวจแล้วโจทก์ต้องชำระเบี้ยปรับหนึ่งเท่าของภาษีซื้อที่แจ้งไว้เกินตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร ดังนี้ ถือว่า หนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มดังกล่าวได้จัดให้มีเหตุผลอันประกอบด้วยข้อเท็จจริงอันเป็นสาระสำคัญข้อกฎหมายที่อ้างอิง ข้อพิจารณาและข้อสนับสนุนในการใช้ดุลพินิจตามมาตรา 37 วรรคหนึ่ง แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539 แล้ว
การประกอบกิจการให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลที่กระทำโดยผู้ประกอบการที่เป็นนิติบุคคลที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น หมายถึงกิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรตามมาตรา 77/2 วรรคสองและวรรคท้าย แห่งประมวลรัษฎากร สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรไปยังนอกราชอาณาจักร และในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง มีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอ้างว่ามีตัวแทนในราชอาณาจักร แต่เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักร หรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรจึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่ม ตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีได้ ดังนั้น แม้ในเดือนภาษีพิพาทโจทก์ผู้ประกอบการจดทะเบียนถูกผู้ประกอบการจดทะเบียนอื่นเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มก็ตาม แต่ไม่ปรากฏว่า ภาษีซื้อดังกล่าวเกี่ยวข้องโดยตรงกับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักร หรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรที่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม โจทก์จึงไม่อาจนำภาษีมูลค่าเพิ่มที่ถูกเรียกเก็บดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร
การที่โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มโดยนำภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร มาคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม เป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป โจทก์จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมาย ดังนั้น การที่เจ้าพนักงานประเมินให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับ ตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว
ส่วนที่โจทก์อุทธรณ์ให้ลดเบี้ยปรับซึ่งเป็นปัญหาข้อเท็จจริงนั้น สำหรับเดือนภาษีธันวาคม 2547 ถึงเดือนภาษีมีนาคม 2548 มีทุนทรัพย์พิพาทไม่เกิน 50,000.- บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยให้ สำหรับเดือนภาษีกรกฎาคม 2547 ถึงเดือนภาษีกันยายน 2547 นั้น เห็นว่า การกระทำของโจทก์อาจทำให้รัฐเสียหาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์พิจารณาให้ลดเบี้ยปรับเหลือร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย นับว่าเป็นคุณแก่โจทก์มากแล้ว