ในสมัยรัชกาลที่ 5 ได้มีพระราชปรารภว่า เงินภาษีอากรอันเป็นผลประโยชน์ของแผ่นดิน จัดเก็บกันไม่เป็นระเบียบกระจัดกระจายรั่วไหลไปมากมาย ในปี พ.ศ. 2416 จึงได้ตราพระราชบัญญัติสำหรับหอรัษฎากรพิพัฒน์ จุลศักราช 1235 และได้โปรดเกล้าตั้งสำหรับหอรัษฎากรพิพัฒน์ขึ้น เพื่อเป็นสำนักงานกลางสำหรับเก็บเงินผลประโยชน์รายได้ภาษีอากรของแผ่นดินมารวมไว้ในที่แห่งเดียว มิให้แยกย้ายกระจัดกระจายอยู่ตามหน่วยงานต่างๆ ดังที่เคยเป็นมาแต่ก่อน ให้หน่วยงานราชการทุกแห่ง นำส่งเงินผลประโยชน์เข้าสำหรับหอรัษฎากรพิพัฒน์เป็นรายได้แผ่นดิน ให้มีพนักงานบัญชีกลางสำหรับรวบรวมบัญชีผลประโยชน์แผ่นดิน และตรวจตราการเก็บภาษี

นอกจากการปฏิรูปตามที่กล่าวมาข้างต้น พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ยังได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ยกเลิกภาษีชนิดที่เป็นโทษแก่ราษฎร และภาษีอากรบางประเภทที่ทำรายได้ให้กับรัฐบาลไม่มากนัก และเป็นภาระแก่คนยากจน เช่น ภาษีอากรภายใน อากรบ่อนเบี้ย เป็นต้น (อากรบ่อนเบี้ย ได้มีการออกพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยการเลิกอากรบ่อนเบี้ย จ.ศ. 1249 (พ.ศ. 2430) โดยลดจำนวนบ่อนเบี้ยลงทุกปี และ ในที่สุดก็เลิกได้หมดทั่งราชอาณาจักร เมื่อปี พ.ศ. 2460 ในสมัยรัชกาลที่ 6) สำหรับบทบัญญัติของภาษีอากรที่ได้มีการตราขึ้นในรัชสมัยนี้ เป็นเพียงการแก้ไขปรับปรุงภาษีอากรที่มีอยู่เท่าเดิมนั้น มิได้มีการเพิ่มประเภทภาษีขึ้นใหม่แต่อย่างใด