ในสมัยรัชกาลที่ 4 มีชาวต่างประเทศเข้ามาติดต่อค้าขายกับประเทศไทยมากขึ้น โดยเฉพาะประเทศอังกฤษ ได้ส่งเซอร์จอห์น เบาริ่ง เจ้าเมืองฮ่องกง เป็นราชฑูตเชิญพระราชสาส์น เข้ามาขอทำหนังสือสัญญาทางพระราชไมตรีในปีพ.ศ. 2397 ทั้งนี้โดยมีข้อความของสนธิสัญญาทางด้านภาษีที่สำคัญประการหนึ่งคือ ให้มีการยกเลิกภาษีเบิกร่องหรือภาษีปากเรือที่เก็บตามสัญญา ฉบับปี พ.ศ. 2369 โดยให้เก็บภาษีขาเข้าแทน และให้เก็บในอัตราเพียงร้อยละ 3 ของสินค้าเท่านั้น ผลของสัญญาฉบับนี้ได้ทำให้ไทยเป็นฝ่ายเสียเปรียบ ที่ต้องเลิกเก็บค่าธรรมเนียมสินค้าขาเข้าขาออกอย่างแต่ก่อน ซึ่งในขณะนั้นรัฐบาลไทยจำเป็นต้องยอมทำสนธิสัญญาในลักษณะเดียวกันกับประเทศในแถบยุโรปอีกหลายประเทศ เพราะขณะนั้นประเทศในแถบยุโรปมีแสนยานุภาพด้านกองทัพมาก และได้เข้ามามีอำนาจในเอเซียตะวันออก ดังนั้น เพื่อให้เป็นการคงรักษาเอกราชไว้ รัฐบาลจึงจำต้องทำสนธิสัญญาดังกล่าว รวมทั้งรัฐบาลไทยต้องยอมให้นานาประเทศมีการซื้อขายสินค้ากับราษฎรได้อย่างเสรี ทั้งนี้โดยให้เสียภาษีตามพิกัดอัตราที่กำหนดไว้ในสนธิสัญญา ทำให้ผลประโยชน์รายได้ภาษีของรัฐบาลตกต่ำลงเป็นอย่างมาก รัฐบาลในขณะนั้นจึงขาดแคลนเงินทุนเพื่อนำมาทำนุบำรุงให้ทันกับความเจริญของบ้านเมือง จึงได้กำหนดให้มีการจัดเก็บภาษีประเภทใหม่ขึ้นอีก 14 ประเภท รวมทั้งได้นำภาษีเดิมที่เลิกจัดเก็บมาใช้ในการจัดเก็บใหม่ ดังนี้

อากรค่าน้ำและอากรรักษาเกาะ

ในสมัยรัชกาลที่ 4 ได้มีการนำการจัดเก็บอากรค่าน้ำ และอากรรักษาเกาะมาใช้ในการจัดเก็บอีกครั้งหนึ่ง ทั้งนี้เนื่องจากผลของการยกเลิกการจัดเก็บในสมัยรัชกาลที่ 3 ก่อให้เกิดผลกระทบที่สำคัญ คือ มีประชาชนพากันมาจับปลามากขึ้น ทำให้เป็นการทำลายพันธุ์ปลา และรัฐบาลต้องสูญเสียรายได้อันพึงได้จึงได้มีการนำกลับมาจัดเก็บอีกครั้ง สำหรับรายละเอียดการจัดเก็บอากรทั้ง 2 ประเภท มีดังนี้

- อากรค่าน้ำ

เป็นการเรียกเก็บอากรจากการจับปลาในแม่น้ำลำคลอง หนองบึง ทะเล อากรค่าน้ำ มีทั้งน้ำจืดและน้ำเค็ม สำหรับกรณีอากรค่าน้ำเค็ม เป็นอากรผูกขาด รัฐบาลจะออกกฎหมายกำหนดอัตราอากรไว้เป็นมาตรฐานตามชนิดของเครื่องมือที่ทำมาหากิน

- อากรรักษาเกาะ เป็นการเก็บจากผู้หาไข่จาระเม็ด (ไข่ฟองเต่าตนุ) บนเกาะในฝั่งทะเลตะวันออก โดยอากรชนิดนี้เป็นอากรผูกขาด ผู้ใดสามารถให้เงินประมูลสูงสุดแก่รัฐ ก็จะได้รับเป็นนายอากรดูแลผลประโยชน์ของเกาะที่รับผูกขาด การจัดเก็บอากรชนิดนี้มีผลต่อทรัพยากรธรรมชาติ ผลจากการยกเลิกในรัชกาลที่ 3 ทำให้เต่าตนุแถบชายฝั่งทะเลถูกจับไปมากจนเกือบสูญพันธุ์ ในสมัยรัชกาลที่ 4 จึงได้นำกลับมาจัดเก็บใหม่ อย่างไรก็ดี ในแง่ของการบริหารการจัดเก็บ ในขณะนั้นมีการจัดเก็บที่ค่อนข้างกระจัดกระจาย มิได้อยู่ในหน้าที่การจัดเก็บของหน่วยงานที่มีการจัดเก็บภาษีอากรโดยตรง เช่น กรมพระคลังมหาสมบัติ จัดเก็บภาษีน้ำมันมะพร้าว ภาษีเสา อากรบ่อนเบี้ย อากรสวนนอกและอากรสวนใน ฯลฯ กรมพระกลาโหม จัดเก็บอากรสุรากรุงเทพฯ ภาษีเหล็กหล่อ อากรรังนก ฯลฯ กรมมหาดไทย จัดเก็บภาษีเรือโรงร้าน ภาษีละคร ภาษีไม้ไผ่ ฯลฯ กรมท่ากลาง จัดเก็บอากรสมพัดสร พริกไทย อากรรักษาเกาะ ภาษีเบ็ดเตล็ด ฯลฯ กรมท่าซ้ายจัดเก็บภาษีเกลือ กรมนาจัดเก็บอากรค่านา เป็นต้น